El comportamiento en cobayas es dóciles y nobles en general, cuando se sienten muy a gusto y felices te lo harán saber, pero cuando no también, esto es debido a que tienen un sistema de comunicación bastante amplio que normalmente usarían con su manada, lo que nos permite saber su estado de ánimo. Algunas de las cosas que podemos identificar:
Por otro lado, tenemos que saber cómo realizar un correcto acercamiento cuando llega otro cobayo, si bien el comportamiento en cobayas aman estar en grupos, también hay que saber que viven en jerarquía, donde hay un alfa que normalmente es un macho, pero dentro de las hembras también hay una hembra alfa.
Es más fácil acercar una hembra con un macho, pero esto no es recomendable a menos que alguno de los dos esté esterilizado debido que son muy prolíficos (desde más o menos los 3 meses de edad las hembras y 2 meses los machos), pudiendo tener hasta 5 partos al año, es decir de 10 a 20 crías al año, y las complicaciones que implica la gestación como distocia, abortos y lo traumático que puede ser el parto en casa, llegando incluso a ponerse en riesgo la vida de la cobaya, además no es necesario si el fin es tenerlos como mascota, es mejor que las personas expertas en cría se encarguen de eso.
Por ello se debe procurar que sean ambos del mismo sexo, pero no hacerlo de manera brusca sino de manera gradual, que se vayan viendo, oliendo e interactuando poco a poco, se puede hacer teniendolos ambos en espacios separados pero uno al lado de otro, donde puedan verse y olfatearse. Estas son medidas para evitar a toda costa que alguno salga herido, pero es algo que puede incluso no suceder (la agresividad), esto dependerá del carácter y personalidad de ambos.